2006年度の会館事業運営は、景気の緩やかな回復基調の下、売上の増進に向けた営業活動や経団連ホール・国際会議場などの大型会議場の稼働率を上げる取組みなどを展開するとともに、多様な顧客ニーズに対応すべく、きめ細かなサービスの一層の向上に努めてきた。
その結果、事業収入のうちの会議室料等売上は前年度比5.38％増、料理・飲物等の売上に伴う納付金収入は2.54％増となり、事業収入全体では前年度比3.82％増となった。一方、支出は経費削減に努め、前年度比1.81％減となり、繰入金支出（収支差額）は前年度比21.20％増となった。
一方、会館の建物・設備の維持管理については、９階北側会議室・定食堂・10階会議室・12階宴会場の壁クロスの張替え、天井補修及び塗装等の工事をはじめ、３年後の移転を考慮しつつ会議場・建物の電気設備の更新などを実施し、機能の維持・強化に努めた。
2006年度も日本経団連活動の一環として「東富士夏季フォーラム」、「会員総務部長研修会」、「社会貢献フォーラム」、「企業倫理研修会」等を開催した。
営業・企画活動への重点的な取組みとして、会員のニーズに即した「新時代の役員のための法務戦略」、「変革の時代に生きぬくリーダーシップ」などをテーマとした「経団連ゲストハウス・フォーラム」を計６回開催した。また、国際会議や外資系企業の役員研修会を受注するとともに、個人プラン、地元向けの催物を実施する等、積極的な利用促進を図った。
本年度は、営業企画、販売促進活動への重点的な取組みを行った結果、前年度に比べ、宿泊利用延べ人数は300名強増加し、かつ法人利用が増えたため、事業収入は約628万円増加した。支出については経費抑制に努めたことで、収支差額は前年度に比べ大幅に改善された。
建物・設備の維持管理については、建物各所の補修工事、敷地内施設の整備工事などを行い、ゲストハウスの機能、環境維持に努めた。
近年、会員数が減少傾向にあることから、新規会員の入会勧誘に努めたが、退会者数(111名)が入会者数(83名)を上回り、会費は減収となった。2007年3月31日現在のクラブ会員数は916名である。
2006年度の活動内容は、講演者を招いての会員昼食会(10回)および特別講演会(１回)、映画会(４回)、賞味会(２回)、観劇会(２回)および後援音楽会(１回)、同好会展覧会(写真、書道)、レストランケイダンレンでのスペシャル・ディナー・サービス・フェア(４回)などを実施するとともに、各種同好会活動(囲碁、写真、書道、長唄、俳句、ゴルフ)を活発に行い、クラブ会員相互ならびに会員家族との交流・親睦に努めた。また、クラブの活動を取りまとめた会報の発行を行った。